Основными задачами отдела внутреннего аудита являются:

1. Проведение внутренних аудитов и выполнение других аудиторских заданий в аппарате мэрии города Бишкек, и объекта внутреннего аудита территориальных и структурных подразделениях, а также муниципальных предприятий с предоставлением соответствующих рекомендаций руководству мэрии города Бишкек по улучшению их финансово-хозяйственной деятельности, а именно внутренний аудит за:

• достоверностью и целостностью информации о финансово-хозяйственной деятельности аппарата мэрии города Бишкек, территориальных, структурных подразделений и муниципальных предприятий мэрии города Бишкек;
• эффективностью, результативностью деятельности аппарата мэрии города Бишкек, территориальных и структурных подразделений, а также муниципальных предприятий в исполнении местных программ развития;
• сохранностью столичных муниципальных активов;
• соответствием территориальных и структурных подразделений, а также муниципальных предприятий мэрии города Бишкек требованиям действующего законодательства Кыргызской Республики и заключенным договорным обязательствам;
• правильностью формирования и рационального использования специальных средств территориальных и структурных подразделений, а также муниципальных предприятий мэрии города Бишкек.

2. Отдел внутреннего аудита для решения возложенных на него задач осуществляет следующие функции:

• организация и проведение ежегодного внутреннего аудита в аппарате мэрии города Бишкек, территориальных и структурных подразделений, а также муниципальных предприятий мэрии города Бишкек на предмет целевого, эффективного и экономного расходования выделенных им из местного бюджета денежных средств (бюджетных ассигнований и ссуд, категориальных и стимулирующих грантов, кредитов и прямых инвестиций, а также депозитных сумм);
• внесение предложений и рекомендаций по вопросам рационального использования бюджетных средств, совершенствование финансово-экономических взаимоотношений аппарата мэрии города Бишкек, территориальных и структурных подразделений, а также муниципальных предприятий мэрии города Бишкек, совершенствование методологии учета и отчетности их активов и обязательств;
• выполняет по поручениям мэра города Бишкек проверки по определенным вопросам, а также проводит специальные аудиты и расследования;
• совершенствует системы внутреннего аудита;
• осуществление внутреннего аудита организаций (учреждений и предприятий) всех форм собственности, финансируемых из местного бюджета;
• осуществляет обзор и оценку системы внутреннего контроля аппарата мэрии города Бишкек, территориальных, структурных подразделений и муниципальных предприятий мэрии города Бишкек, и предоставляет мэру города Бишкек отчеты и рекомендации по улучшению их деятельности;
• разрабатывает в соответствии с проведенной оценкой рисков и предоставляет для утверждения мэру города Бишкек стратегические и годовые планы предстоящих проверок (комплексных либо тематических), а также планы ежегодного профессионального обучения заведующего и специалистов отдела внутреннего аудита;
• готовит аудиторские отчеты по каждому осуществленному внутреннему аудиту предоставляет их мэру города Бишкек.